آخرین خواسته دکتر فاطمی دیدار با خانواده و ملاقات با دکتر مصدق بود که سرتیپ آزموده گفت: «هنوز هم دست از این مرد برنمی داری؟»
به گزارش صبح ما، وقتی شنید که دکتر مصدق و یارانش قرار است، بامداد ۲۲ مهر ۱۳۲۸ در دربار شاه دست به تحصن بزنند، بی درنگ در موعد مقرر خود را به آنجا رساند و با آنها همراه شد؛ حسین فاطمی را می گویم. او حتی روزنامه ای را که خودش صاحب امتیازش بود، در اختیار دکتر مصدق گذاشت، روزنامه «باختر امروز» که خیلی زود به ارگان رسمی جبهه ملی تبدیل شد.
انتشار یک سرمقاله از او در ۲۸ آذر ۱۳۲۹، خشم رزم آرا(نخست وزیر وقت) را به دنبال داشت و همین موضوع موجبات حبسی سه روزه را برایش مهیا ساخت. از حق که نگذریم، فاطمی قلم شیوا و روانی داشت، و این را دوست و دشمن تایید می کرد. در ادامه به بخشی از سرمقاله جنجالی او نظری می افکنیم تا معلوم شود خشم رزم آرا به چه علت بوده است:
«گلوله ای که بر قلب ماهر پاشا و نقراشی پاشا نشست، برای اولین بار جواب خیانت و فساد را در کشوری که قرن ها در معرض تهاجم کشورهای مختلف استعماری بوده است به مرگ و جزای مسلم و قطعی داد و بعد از آنها هر که آمد دانست با ملتی غیرتمند، منتقم و سرسخت روبروست تا بالاخره ثمره مجاهدت و جانبازی های فرزند رشید و فداکار سرزمین فراعنه را امروز ملت مصر بهره برداری می کند. تردیدی نیست که اگر هیأت حاکمه ایران، راه تسلیم و اطاعت و نوکری را تغییر ندهد، ملت ما همان رویه را در پیش خواهد گرفت که مصری ها پیموده و نتیجه گرفته اند.»
با اینکه دکتر فاطمی با کمک و تلاش نمایندگان جبهه ملی سرانجام پس از سه روز، از حبس در یکی از اتاق های زیرین کاخ شهربانی خلاص شد، اما نخستین سرمقاله او پس از آزادی بازهم، رزم آرا را خشمگین کرد. او عنوان این سرمقاله را چنین برگزید: «هنوز ایران آن قبرستانی نیست که شرکت نفت آرزو می کند!»
این دیگر بر کسی پوشیده نیست که حسین فاطمی یکی از مدافعان سرسخت ملی شدن نفت در سراسر کشور بود و حتی به شهادت محمد مصدق، فاطمی نخستین کسی بود که پیشنهاد ملی کردن نفت را مطرح کرد. در ادامه برای اثبات این ادعا، نوشته ای کوتاه به قلم دکتر مصدق می آید که موید همین مسأله است:
«اگر ملی شدن صنعت نفت خدمت بزرگی بوده که به مملکت شده، باید از آن کسی که اول این پیشنهاد را نمود، سپاسگزاری گردد و آن کس شهید راه وطن، دکتر حسین فاطمی است که روزی در خانه جناب آقای نریمان، پیشنهاد خود را داد که عده ای نمایندگان جبهه ملی حاضر در جلسه، آن را به اتفاق آراء تصویب نمودند. رحمت الله علیه که در تمام مدت همکاری با اینجانب حتی یک ترک اولی هم از آن بزرگوار دیده نشد.»
در اردیبهشت ۱۳۳۰ که مصدق به نخست وزیری رسید، دکتر فاطمی را به سمت معاون سیاسی و پارلمانی خود برگزید و نظر به اینکه به علت ضعف جسمانی و کسالت نمی توانست هر هفته خبرهای جاری کشور و تصمیمات دولت را مانند دیگر نخست وزیران به اطلاع شاه برساند، بنابر موافقتی دوجانبه قرار شد دکتر فاطمی گزارش های مملکتی و تصمیمات دولت را هفته ای یکبار به شاه اطلاع دهد.
در ۲۲ بهمن ۱۳۳۰، دکتر فاطمی در مراسمی که بر سر مزار محمدمسعود در گورستان ظهیرالدوله شمیران برگزار شد، در حالی که مشغول سخنرانی بود، مورد سوءقصد نوجوانی ۱۴ ساله به نام مهدی عبدخدایی قرار گرفت که از فاصله نزدیک گلوله ای به شکم او شلیک کرد. عبدخدایی عضو جمعیت فدائیان اسلام بود و نظر به اینکه نواب صفوی رهبر آن در زندان به سر می برد، این ترور به دستور عبدالحسین واحدی نفر دوم این جمعیت، انجام گرفت.
واحدی گفته بود:«حالا که به دکتر مصدق دسترسی نداریم، معاونش را می کشیم!» گلوله یازده نقطه از روده های دکتر فاطمی را پاره کرد. و به رغم معالجات او در ایران و آلمان، وی تا پایان عمر کوتاهش از اثرات این ترور وحشیانه در رنج بود.
در انتخابات دور هفدهم قانونگذاری که هم زمان با این حادثه برگزار شد، دکتر فاطمی از تهران به نمایندگی مجلس انتخاب شد ولی به خاطر وضع نامساعد جسمانی، کمتر در جلسات مجلس حاضر می شد تا اینکه محمد مصدق، در مهرماه ۱۳۳۱ او را به سمت وزیر امور خارجه تعیین کرد. نخستین اقدام دکتر فاطمی در این سمت، قطع روابط با انگلستان بود که این کار او دشمنی انگلیسی ها را به کینه شاه نسبت به او افزود.
فاطمی در وزارت امور خارجه دست به اصلاحات اساسی زد. او قصد داشت که ۸۵ نفر از کارمندان آن وزارتخانه را که عموما بیکار و متعلق به خانواده های اشراف در قدیم بودند، اخراج و به جای آنها جوانانی تحصیل کرده و میهن پرست را استخدام کند که فرصت نیافت.
اساسنامه جدید وزارت امور خارجه مدیون زحمات دکتر فاطمی و همکاران نزدیک به او بود که در صورت اجرایی شدن، محیط آن وزارتخانه را به کلی عوض می کرد و برای کارکنان فعال آن امنیت شغلی به وجود می آورد.
آخرین اقدام دکتر فاطمی در وزارت امور خارجه، تشکیل کنفرانس های منطقه ای از سفرای ایران در کشورهای بیگانه بود. ابتدا کنفرانس سفیران در خاورمیانه را در بیروت و سپس کنفرانس سفیران در کشورهای اروپایی را در لاهه تشکیل داد تا به ارزیابی سیاست خارجی و موقعیت جهانی ایران بپردازند.
در مردادماه ۱۳۳۲ که دکتر فاطمی پس از معالجه در هامبورگ به استکهلم رفته بود، تلگرافی به این مضمون به دکتر مصدق فرستاد: «در صورتی که اجازه فرمایید پس از برگزاری کنفرانس دیپلمات های ایرانی در لاهه، برای مذاکره با شوروی ها به مسکو بروم.» که دکتر مصدق پاسخ داد: «چنانچه کسالت دارید فقط به استراحت بپردازید. موضوع کنفرانس دیپلمات های ایرانی در لاهه چیست؟ چنانچه بحمدالله رفع کسالت شده است فورا به تهران بیایید و مسئولیت وزارت امور خارجه را از نزدیک عهده دار شوید.»
سخنان حسین فاطمی در ۱۹ مرداد ۱۳۳۲ بسیار تأمل برانگیز و به نوعی هشداری نسبت به خطر کودتای نظامی در کشور بود. وی گفت:«باید هوشیار بود و اجازه نداد عوامل داخلی انگلستان دست به چنین اقدام خائنانه ای بزنند، چون در این صورت دستاوردهای نهضت ملی بر باد خواهد رفت و اوضاع به شکل سابق برخواهد گشت. اکنون ایران پس از تحمل یکصد و پنجاه سال سلطه استعمار خارجی، از استقلال کامل برخوردار شده است و در آینده خواهد توانست از آزادی و حکومت دموکراتیک برخوردار شود و سرمشقی برای دیگر کشورهای خاورمیانه گردد.»
فاطمی فردای آن روز به تهران بازگشت و پنج روز بعد، یعنی در ۲۵ مرداد نخستین کودتای گارد شاهنشاهی صورت گرفت. سربازان گارد به خانه او ریختند، دکتر فاطمی را کتک زدند و به بازداشتگاه گارد بردند. ضمنا با همسر و فرزند خردسال او نیز بدرفتاری کردند. ولی چند ساعت بعد که کودتا شکست خورد، فاطمی، زیرک زاده و حق شناس را آزاد کردند.
فاطمی فردای آن روز در سرمقاله روزنامه باختر امروز نوشت:«دولت شاه روی دربار ملک فاروق را سفید کرد»
در روز ۲۸ مرداد، دکتر فاطمی که تا ظهر در خانه مصدق حضور داشت، آنجا را ترک کرد و به مخفیگاه رفت و در خانه ستوان دکتر محسنی در حوالی میدان تجریش(کوچه رضایی پلاک ۲۱) پنهان شد و تا اسفند ۱۳۳۲ که توسط سرهنگ مولوی دستگیر شد، در همان جا ماند.
فاطمی همچنین از حمله شعبان بی مخ و چاقوکشان دولتی هم بی نصیب نماند و هنگامی که از نزد سرتیپ تیمور بختیار، فرماندار نظامی تهران خارج می شد مورد حمله آنها قرار گرفت و چند زخم چاقو برداشت و به گفته شاهدان تاریخ، اگر خواهرش خود را روی او نمی افکند، بدون تردید کشته می شد.
در تیرماه ۱۳۳۳ دادستان نظامی دستور داد فاطمی را از بیمارستان به زندان دکتر شایگان در لشکر ۲ زرهی انتقال دهند. دکتر فاطمی را با برانکار از بیمارستان به زندان بردند. این در حالی بود که پزشکان صورتجلسه ای را امضا کردند که از لزوم عمل جراحی فوری وی حکایت می‌کرد. ولی دادستان مخوف ارتش به آن وقعی ننهاد.
دادگاه نظامی مامور محاکمه دکتر فاطمی، دکتر شایگان و مهندس رضوی در مهرماه ۱۳۳۳ تشکیل شد. فاطمی را با آمبولانس و روی برانکار به جلسات می آوردند و او قادر نبود روی پا بایستد. دادگاه نظامی پس از ده روز حکم اعدام فاطمی را صادر کرد.
پس از آنکه سرتیپ آزموده حکم را به نظر شاه رساند، شاه ریاکارانه زیر حکم نوشت:«فعلا حکم اعدام متوقف بماند.»
دو روز بعد سرتیپ آزموده، سرلشکر هدایت و سرتیپ بختیار تقاضای شرفیابی به حضور شاه کردند و خواستار اجرای سریع حکم اعدام فاطمی شدند. آزموده معترضانه گفت:« ما بیش از ۳۰ افسر را به جرم خیانت به شاه اعدام کرده ایم، حالا چرا یک غیرنظامی اعدام نشود؟» در نتیجه شاه صریحا دستور اعدام دکتر فاطمی را صادر کرد.
در ساعت چهار و هفت دقیقه بامداد روز چهارشنبه ۱۹ آبان ۱۳۳۳ مراسم اعدام دکتر حسین فاطمی در لشکر ۲ زرهی در برابر شماری از افسران ارتش از جمله سرتیپ آزموده اجرا شد. قبل از اجرای حکم، دکتر فاطمی گفت: «من از مرگ ابایی ندارم، آن هم چنین مرگ پرافتخاری. من می میرم که نسل جوان ایران از مرگ من درس عبرتی گرفته و با خون خود از وطنش دفاع کند و نگذارد جاسوسان اجنبی بر این مملکت حکومت کنند. من در سفارت انگلیس را بستم، غافل از اینکه تا دربار است انگلستان سفارت لازم ندارد.»
آخرین خواسته دکتر فاطمی دیدار با خانواده و ملاقات با دکتر مصدق بود که سرتیپ آزموده گفت: «هنوز هم دست از این مرد برنمی داری؟» فاطمی پاسخ داد:«خدا را شکر می کنم که با شهادتم در راه مبارزه با بیگانگان، دین خود را به ملت ستمدیده و استعمار زده ایران ادا کردم و امیدوارم سربازان مجاهد نهضت، همچنان مبارزه را ادامه دهند.»
در ساعت ۶ بامداد که جوخه اعدام مرکب از چهار سرباز آماده اجرای مراسم شده بود، دکتر فاطمی در آخرین لحظه فریاد زد:«زنده باد دکتر مصدق، پاینده باد ایران».